您在离婚案件中，与男方分居且独自抚养两个孩子，男方以要离婚为由不给抚养费，这种行为是违法的。
分居期间男方不给两个孩子抚养费是违法行为。

1. 若存在双方尚未离婚，仍处于分居状态的情况：即使尚未正式离婚，只要双方处于分居，不直接抚养孩子的一方（即男方）仍有义务支付抚养费。因为父母对未成年子女的抚养义务是法定的，不会因分居而终止。
2. 若存在双方已经离婚，孩子由您抚养的情况：离婚后，不直接抚养子女的男方，应当负担部分或者全部抚养费。负担费用的多少和期限的长短，由双方协议；协议不成的，由人民法院判决。
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您想知道男方在分居期间以要离婚为由不给两个孩子抚养费为何违法，这需要从相关法律规定来分析。
《中华人民共和国民法典》第一千零六十七条规定：“父母不履行抚养义务的，未成年子女或者不能独立生活的成年子女，有要求父母给付抚养费的权利。” 同时，《中华人民共和国婚姻法》（2001年修正版）第三十六条也明确：“父母与子女间的关系，不因父母离婚而消除。离婚后，子女无论由父或母直接抚养，仍是父母双方的子女。离婚后，父母对于子女仍有抚养和教育的权利和义务。”

在您的情况中，您与男方分居，两个孩子由您抚养，男方作为孩子的父亲，对未成年子女负有法定的抚养义务。无论双方是否已经离婚，只要孩子是未成年或不能独立生活，男方就不能以“反正要离婚了”为由拒绝支付抚养费。他的行为直接违反了上述法律规定，您有权要求其支付。

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